Eesti Flöödiühing asutati 1998. aasta lõpul ning peale väikest ettevalmistusperioodi käivitus tegevus avakoosolekuga 27. veebruaril 1999 Tallinnas vanalinna Muusikamajas. EFÜ on mittetulundusühing, mille eesmärgiks on koondada oma ridadesse kõiki tegutsemisaldis flöödihuvilisi, ning pakkuda neile võimalusi enesetäiendamiseks, infovahetuseks ja meeldivaks seltsieluks. Ühtlasi suunab EFÜ oma tegevust väljapoole, korraldades kontserte, meistriklasse ning levitab infot oma ettevõtmiste ja eesti flöödielu kohta.

EFÜ on korraldanud alates 1999. aastast suveakadeemiaid. Algul erinevates eesti paikades (1999 – Suislepa, 2000, 2001 – Kadrina, 2002 – Tallinn, 2003 – Vändra, 2004 – Avinurme, 2005 – Viljandi, 2006 – Suuremõisa), alates 2007 on suviseks flöödipealinnaks Rõuge. 

Paralleelselt suveakadeemiatega hakkas EFÜ korraldama ka flöödilaupäevakuid, mis toimuvad iga 2 aasta järel. 14. aprillil 2018 on Eesti Muusika- ja Teatriakadeemia kammersaalis toimumas IX flöödilaupäevak